Добрый день.
Да, регистрируете корректировку датой доп.соглашения (или другого документа-основания). То есть текущим годом. И с этой дельты налог платите по итогам 1 квартала 2014 года.
Консультант+ Путеводитель НДС
Цитата:В случае увеличения стоимости товаров (работ, услуг, имущественных прав) у продавца возникает обязанность доначислить НДС по реализованным товарам (работам, услугам, имущественным правам) (п. 10 ст. 154 НК РФ). Для этого продавец составляет и регистрирует корректировочный счет-фактуру в книге продаж.Увеличение стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав) следует отражать в том налоговом периоде, в котором были составлены документы, подтверждающие согласие покупателя с таким увеличением либо факт его уведомления о произошедшем увеличении стоимости (п. 10 ст. 154 НК РФ). Такой порядок действует с 1 июля 2013 г. (пп. "б" п. 1 ст. 1, ч. 2 ст. 5 Федерального закона от 05.04.2013 N 39-ФЗ).ПримечаниеДо 1 июля 2013 г. увеличение стоимости отгруженных товаров продавец отражал в том квартале, в котором произошла отгрузка товаров (п. 10 ст. 154 НК РФ).При этом, если увеличивалась стоимость товаров (работ, услуг, имущественных прав), отгруженных (выполненных, оказанных, переданных) в предыдущем периоде, в книгу продаж за период отгрузки следовало внести исправления, оформив дополнительный лист и зарегистрировав в нем корректировочный счет-фактуру (п. п. 1, 10 Правил ведения книги продаж, а также п. 3 Правил заполнения дополнительного листа книги продаж, утвержденных Постановлением N 1137). Также необходимо было представить уточненную налоговую декларацию за период, в котором произошла отгрузка, и доплатить НДС в бюджет (абз. 1 п. 1 ст. 81 НК РФ).При этом, если уменьшение стоимости товаров (работ, услуг) произошло позже периода отгрузки, уточненную декларацию за период, в котором произведена отгрузка, представлять не нужно.